为了更好地贯彻和完善工程中心的各项管理工作，保证各项重大决策的科学化、民主化和规范化。因此工程中心建立了健全合理的组织机构，工程中心特设立管理委员会、技术委员会，下设技术研发部、工程示范基地和产业化基地等机构。地下水污染控制与修复教育部工程研究中心机构设置见下图。