建设期内，工程中心与合作共建单位建立了良好的合作关系。与北京建工环境修复股份有限公司建立了深入的业务合作与交流联系，双方共同承担了与地下水和土壤修复相关的工程项目。中心联合北京万邦达环保技术股份有限公司建成了江苏盐城设备研发生产基地、宁夏宁东水处理技术与装备中试基地、工业水环境检测及模拟技术中心。中心与中国地质环境监测院就地下水监测网络建设工程达成共识，合作开展地下水监测网络建设等工作。与中国环境科学研究院于2005年签署了科研合作协议，双方在科学研究、人才培养、基地建设等方面达成共识。与吉林大学环境与资源学院建立了广泛的业务联系，双方共同承担了多项国家级、部（省）级科研项目，能够很好地落实了工程中心的建设计划。

部分合作单位与合作项目表

密云基地

2015年11月，北京师范大学水科学研究院和北京市地质矿产勘查开发局结合各自优势资源开展合作，共同开展在土壤与地下水污染监测、评价、模拟、控制、设计、修复与管理等方面的系统集成和新技术应用开发，从而形成长期稳定的产、学、研合作关系，实现双方资源共享、优势互补、互惠互利。

密云基地位于北京东北部，包括密云、怀柔的平原地区及顺义的北部地区。密云基地处于北京平原冲洪积扇的上部，是北京重要的地下水供水水源地所在。研究区内有密云水库、怀柔应急水源地、向阳闸应急水源地和水源八厂等主要供水单元，地下水与土壤的污染将直接影响北京市的供水安全。