在建设期内，工程中心承担国家科技重大专项课题8项，国家“973”计划项目课题2项，国家科技支撑计划课题5项，国家“863”计划课题2项，环保部公益科研专项1项，水利部公益科研专项1项，国家自然科学基金重点项目1项，国家自然科学基金面上项目24项，国家自然科学基金青年项目19项，国家自然基金委-英国皇家协会联合基金1项，国家社会科学基金重大项目1项，北京市重大科技项目3项，北京市自然科学基金重点项目1项，北京市自然科学基金面上项目1项，北京市青年英才项目2项，环保部科研项目25项，水利部部级科研项目23项，教育部科研项目4项，国土资源部科研项目2项，中英国际合作科研项目2项，中央高校基本科研业务费专项资金资助重大项目3项，中央高校基本科研业务费专项资金资助重点项目9项，中央高校基本科研业务费专项资金资助一般项目22项，其他部委和各级政府部门委托项目10余项，企业和公益组织委托项目20余项，合同金额逾1.5亿元，在地下水污染模拟、地下水污染控制与修复、地下水资源评价与管理领域取得了一批重要的研究成果，所取得的研究成果曾获得环保部、教育部、国土资源部、北京市等部门的奖励。
中心自建设期以来，在国内外重要期刊和国际会议发表学术论文200余篇，其中大部分被SCI或 EI检索。主持举办相关国际国内学术会议7次，具有鲜明的领域学术特色和应用研究优势地位。
中心自建设期以来，结合科研任务和技术研发工作，陆续制定了多项行业标准、国家政策建议等，并上报相关主管部门，其中部分指南已经发布，部分政策建议被国务院采纳。制定的《地下水污染防治区划分工作指南》已被环境保护部正式发布；为地下水污染监测、风险评估和修复类项目编制了4份报批稿指南，分别为《地下水典型污染物优化监测技术指南（报批稿）》、《区域地下水污染风险评估技术指南（报批稿）》、《区域地下水污染风险分级分类管理技术指南（报批稿）》和《复合污染地下水高效净化技术指南（报批稿）》；此外，为中国石油行业编制了《石油化工区水土环境风险排查与评估技术指南（讨论稿）》。
向国家提交的政策建议6份，包括：“我国地下灌注环境管理的问题及对策建议”（被国务院采纳）、“我国地下水环境监测存在的问题及建议”、“地下水污染问题及应对措施的建议”、“我国地下水污染场地修复的问题及对策建议”、“关于修订《地下水环境监测技术规范》的建议”、“关于修订《水源地保护区划分技术规范》的建议”。