工程研究中心的研发基地——密云基地，是地下水污染控制与修复基地。中心与北京市地勘局将开展长期合作，以即将出台的“北京市水十条”为合作契机，结合当前水务工作、地下水需求，对密怀顺盆地内的保护区划分、水源地和应急水源地规划、南水北调的回灌等内容进行研究，查明区域内的污染源，展开实际应用的综合性的修复治理工程。工程中心密云基地的建立，以地下储油罐土壤-水污染控制与修复为起点，着眼于密怀顺盆地地下水修复与环保的综合研究。
2015年11月16日，在北京地勘局举行共建地下水教育部工程中心密云基地签约揭牌仪式。密云基地由中心与北京地勘局北京市地质工程设计研究院共建，中心负责管理。双方共同提供资金和设备建设密云基地，北京地勘局提供不少于1000平米用房用于相关科研工作。作为双方共建合作的首个实质性工程，北京市地质工程设计研究院油库污染场地的水文地质钻探、污染监测和修复工程等研究工作正式启动。
密云基地建立签约仪式
密云基地位于北京东北部，包括密云、怀柔的平原地区及顺义的北部地区。密云基地处于北京平原冲洪积扇的上部，是北京重要的地下水供水水源地所在。研究区内有密云水库、怀柔应急水源地、向阳闸应急水源地和水源八厂等主要供水单元，地下水与土壤的污染将直接影响北京市的供水安全。
区域地形地貌图（形状点为加油站位置示意）
密云基地以白河岸边、101地质队院内的废弃加油站为建设起点，先期工作主要包括对加油站污染场地的勘查取样，根据污染场地的水文地质条件和污染类型，结合水科院在地下水和土壤污染治理方面的先进技术，选择合适的污染控制和修复方案。Geoprobe®8040DT型号钻机将首次在密云基地内完成勘探任务，建立长期检测孔和取样孔。EH-4连续电导率剖面仪将用来探绘地层剖面图，探明地下水水位以确定地下水流场，研究污染场地与白河的地下水力联系。密云基地预计将于2016年4月建成1000m2的实验室，同时整合水科院与北京市地质工程设计研究院的现有实验仪器设备，建立完善的具有预处理、有机无机物分析测试、生物分析测试的实验室。
密云基地现场图片