在十一五、十二五期间，我院承担“国家重大专项”、国家研发计划、环保部、水利部等公益性行业科研等一批重大项目，建成了一批支撑学科发展的研究平台。我院承建一批教育部、北京市重点实验室和工程中心等平台，初步形成了在国内具有重要影响力的水文水资源学、地下水科学与工程学科方向，具体表现在流域水文过程模拟、面源污染模拟与控制、地下水污染防控等研究方面产生了一批具有较强国际影响的学术成果，与同领域国际一流研究机构建立了紧密的学术交流与合作关系，聚集了一批具有国际影响力的高水平人才。在水资源评价、水土污染防控与修复、海绵城市建设、水利信息化等领域已具备了服务于国家生态文明和绿色发展等国家重大战略的研究能力。初步形成以“水质-水量”、“地表水-地下水”、“水环境-水生态”六位一体的水科学综合研究体系。包括城市水循环和海绵城市建设北京市重点实验室、地下水污染控制与修复教育部工程研究中心、污染场地风险模拟与修复北京市重点实验室、高污染化工废水资源化北京市工程技术研究中心等。