所长：卞兆勇
成员：丁爱中、王红旗、王圣瑞、王静、程红光、豆俊峰、潘成忠、苏保林、孙寓姣、张淑荣、朱宜、杨凯、金乃夫
研究目标：
探讨流域水生态环境演变规律，提出评价河流健康的指标及方法体系，揭示河流、湖泊水质变化的产生机理，建立水生态修复理论与技术体系，揭示流域水、土、生态、社会持续和谐发展的控制机理与过程，建立流域水生态修复和管理决策的支撑工具，通过基础理论研究和应用实践，为解决我国河流污染和水生态系统退化提供指导。
研究方向：
以生态、经济、社会和谐持续发展为根本出发点，将流域的自然过程，包括水文、环境和生态过程，以及社会、经济过程等有机结合，从流域整体效益最优角度进行有效的流域管理。水生态研究所基于自身的学科集成及建设水利工程和环境科学与工程学科的发展需求，在水利工程一级学科下，建设生态流域科学与工程二级学科，主要研究方向为水土污染控制与修复、河流动力学与生态工程、生态流域过模拟与管理。